ボディ・隙間に水アカや汚れが多く付いておりました。

マニュアル通りの施工では下地処理の際に完全に残るような汚れです。

ささっと終わらせて表面だけ綺麗に見えて隙間に汚れが残ったまま納車するのが正解でしょうか？

答えは言わずともわかります。

細部まで可能な限り処理を行い最高の状態でお客様にお返しすることが必要です。